根据《国家税务总局关于盈余公积金转增注册资本征收个人所得税问题的批复》（国税函〔1998〕333号）规定，公司将从税后利润中提取的法定公积金和任意公积金转增注册资本，实际是该公司将盈余公积金向股东分配了股息、红利，股东再以分得的股息、红利增加注册资本。因此，对属于个人股东分得再投入公司的部分，应按照“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税。对于非居民企业股东分得转增注册资本的部分，应根据《企业所得税法》及其实施条例的规定，按照“股息、红利等权益性投资收益”征收企业所得税，由该公司代扣代理，但符合《企业所得税法》第二十六条第三项条件的予以免征。